公共遺伝子発現データベース目次 All of gene expression (AOE) の論文がPLOS ONE誌に掲載されました
2020. 01. 27 /
当センターの坊農 秀雅 特任准教授による論文 “All of gene expression (AOE): An integrated index for public gene expression databases” がPLOS ONE誌に掲載されました。 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0227076
Bono H (2020) All of gene expression (AOE): An integrated index for public gene expression databases. PLoS ONE 15(1): e0227076. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0227076
All Of gene Expression (AOE) は、EBI ArrayExpress + NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) + DDBJ Genomic Expression Archive (GEA)に収蔵されている遺伝子発現データを実験手法や生物種などで分類・整理した目次であり、それらを快適に検索できるツールです。
AOEを作成するためのソースコードはGitHub上で公開されています。 https://github.com/dbcls/AOE/
また、AOEを構成するデータは、科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンターの生命科学系データベースアーカイブに収められており、以下のDOIで利用可能です。 DOI: 10.18908/lsdba.nbdc00467-000